A Fundação Universidade Federal do Rio Grande (FURG) foi criada no ano de 1969 com a união de cinco faculdades existentes à época na cidade do Rio Grande. Uma destas era a Faculdade Federal de Engenharia Industrial que oferecia dois cursos de graduação em Engenharia Industrial , nas modalidades Mecânica e Química.

Sendo a cidade do Rio Grande um pólo pesqueiro, portuário e industrial, e localizada no ambiente geográfico que contém a foz da Lagoa dos Patos e o Oceano Atlântico, à FURG estava destinado um papel importante no estudo de temas ligados ao mar e ao ecossistema costeiro e estuarino.

A criação do curso de Oceanologia, no início da década de 70, marcou uma mudança importante na história da Universidade, bem como a criação, em 1978, do primeiro curso de mestrado da FURG: Oceanografia Biológica. A década de 80 caracterizou-se por importantes passos na direção de fortalecer a aproximação da Universidade com o ambiente costeiro. O primeiro deles, iniciado no final da década de 70, foi o forte investimento na capacitação docente enviando um grande contingente de professores para realização de cursos de pós-graduação em diversas instituições nacionais e estrangeiras. Ao final da década, o número de titulados começou a crescer significativamente, especialmente nas engenharias que, depois da Oceanologia, foram as primeiras a investirem na capacitação de seus profissionais.

Um outro passo, no sentido de estreitar a relação da FURG com o mar, foi a formalização, em 1987, pelo Conselho Universitário, da filosofia e política da Universidade, definindo como vocação institucional o estudo do ecossistema costeiro que tem orientado as atividades de ensino, pesquisa e extensão.

Dentro deste cenário, no início da década de 90, começa a crescer a idéia de criação de um curso de pós-graduação em engenharia que ao mesmo tempo aproveitasse o contingente de docentes qualificados e atendesse à vocação definida pela Instituição. Como resultado da política de qualificação docente implantada, o número de doutores em Engenharia Mecânica e em Engenharia Civil começou a crescer. Assim, optou-se por associar este grupo de docentes, com a área oceanográfica, já com tradicional experiência em pesquisa e pós-graduação na área marinha. Já há algum tempo as solicitações de ações em engenharia costeira e marítima produziam trabalhos em cooperação. O resultado foi a criação do Curso de Mestrado em Engenharia Oceânica , com primeiro ingresso em 1995.

A principal virtude do curso escolhido foi a possibilidade de aproveitar a estrutura existente e o pessoal qualificado nas áreas de Oceanografia (especialmente nas áreas Física, Química e Geológica) e das Engenharias Mecânica, Química e Civil.